Mathias Inauen wurde am 19. Februar 1975 in Appenzell geboren. Nach absolvierter Matura am Gymnasium in Appenzell, begann er das Studium an der Musikhochschule Luzern mit den Schwerpunkten Orgel (Erwin Mattmann) und Chorleitung (Markus Zemp). 2002 schloss er dann das Studium mit dem „Kirchenmusik-Diplom“ ab.
Seit 2002 ist Mathias Inauen „Hauptverantwortlicher Kirchenmusiker“ an der Pauluskirche in Luzern. Er ist dort als Organist tätig und leitet Paulusspatzen, Jugendchor St. Paul und Paulus-Chor. Daneben ist er musikalischer Leiter des Luzerner Chors (ehemals Liedertafel und Männerchor Stadt Luzern) und des Wäsmeli-Chors (Seniorenchor).
Nebst all diesen Chortätigkeiten ist er auch als Organist/Pianist bei verschiedenen Konzerten in der Zentralschweiz und der näheren Region zu hören. Regelmässig tritt er zusammen mit Karin Schaerer (Panflöte) als „PanTastico“ auf (Auftritt SF DRS 2005).